Для того, чтобы обновить используемый внешний отчет необходимо:
Открыть форму списка справочника Регламентированные отчеты (меню Все функции... - Справочники - Регламентированные отчеты)
Трудовая функция ЗУП 3.1 и БП 3.0
Для интерфейса 1С-Отчетность меню Настройки - Справочник регламентированных отчетов.
В нужной папке найти элемент с наименованием, соответствующим внешнему отчету, установить его в качестве текущего в списке и нажать кнопку Изменить на верхней командной панели (или клавишу F2)
В форме элемента необходимо установить переключатель Использовать в положение Файл, а в качестве файла выбрать соответствующий внешний отчет.
Нажать Сохранить.