Перед началом удаления организации из 1С в БП 3.0 удостоверьтесь, что в базе нет помеченных на удаление объектов. Это необходимо для удобства проведения удаления организации.
Обращаем внимание, что при удалении может потребоваться снять дату запрета изменений, если она установлена (раздел Администрирование - Настройки пользователей и прав - Даты запрета изменений)
Администрирование – Удаление помеченных объектов. Устанавливаем выборочное удаление – Далее.
Переходим в раздел Главное – Организации и помечаем на удаление ненужную организацию.

Администрирование – Удаление помеченных объектов. Устанавливаем выборочное удаление – Далее. Начинаем удаление.
Снимите галки со всех помеченных на удаление объектов, кроме организации и нажмите кнопку Удалить выбранные, подтвердите удаление и дождитесь окончания обработки.
При первом удалении программа выдаст список связанных с удаляемой организацией документов и регистров.
Все документы в правой части помечаем на удаление, регистры удаляем вручную. Для массового выделения объектов в правой части обработки используйте сочетание клавиш Ctr+А
Для удаления регистров, они визуально отличаются от справочников и документов, необходимо будет открывать каждый регистр, нажимать Еще - Удалить
После этого повторяем удаление и так пока мы не удалим все, что связано с организацией