В системе Доки поддерживаются формализованные и неформализованные документы. У формализованных документов расширение XML, к ним относятся: счет-фактура и корректировочная счет-фактура, УПД с функциями СЧФ, СЧФДОП и ДОП; УКД с функциями КСЧФ, КСЧФДИС и ДИС; документы о передаче результатов работ и оказании услуг; акты; форма «Торг-12»; документ о передаче товаров при торговых операциях и другие. К неформализованным документам относятся документы, которые могут быть созданы и отправлены в любом формате: DOC, XLSX, PDF, JPG и др.