Если на выплату начисляется НДФЛ, он регистрируется в программе через форму Операция, введенная вручную.
Отразить данные в отчетности по НДФЛ можно через форму Операция учета НДФЛ. Ее можно найти в пункте Зарплата и кадры - Все документы по НДФЛ.
Датой получения дохода (кроме зарплаты, отпускных, больничных) является дата фактической выплаты этого дохода.
Поэтому в документе Операция учета НДФЛ все даты должны быть равны дате фактической выплаты.
Заполняем вкладки Доходы, Исчислено, Удержано. Вкладку Перечислено не заполняем. Необходимые движения по регистрам будут сделаны банковским (или кассовым) документом по уплате НДФЛ.
Если этот вид дохода должен облагаться взносами, необходимо в разделе Зарплата и кадры создать документ Операция учета взносов.
У документа заполняем вкладки Исчислено взносов, Сведения о доходах.