Настройка - Расчет зарплаты - Настройка состава начислений и удержаний - Учет отсутствий. Поставьте флаг Прогулы, неявки.
Создаем документ отсутствия:
Кадры - Все отсутствия сотрудников - Отсутствие (болезнь, прогул, неявка)
Заполняем документ - указываем причину отсутствия, указываем даты
Отражение отсутствия в расчетном листке и табеле