Для того, чтобы обновить используемый внешний отчет в ЗУП 3.1 необходимо:
1. Открыть форму списка справочника Регламентированные отчеты (меню Все функции... - Справочники - Регламентированные отчеты)
Для интерфейса 1С-Отчетность меню Настройки - Справочник регламентированных отчетов.
2. В нужной папке найти элемент с наименованием, соответствующим внешнему отчету, установить его в качестве текущего в списке и нажать кнопку Изменить на верхней командной панели (или клавишу F2)
3. В форме элемента необходимо установить переключатель Использовать в положение Файл, а в качестве файла выбрать соответствующий внешний отчет.
Нажать Сохранить.