В Бухгалтерия 3.0 в документы Прием - Кадровый перевод добавлено поле, в котором можно установить долю неполной ставки для сотрудника (с точностью до сотых долей).
Эта возможность включается в Главное - Функциональность - Сотрудники
К примеру, сотрудник Петров с окладом 80000 и доплатой 35000 переведен на неполную ставку 0,25.
В начислениях это отразится соответствующим образом: количество рабочих дней в расчете учлось полностью, часы сокращены в 4 раза, соответствующим образом изменены суммы оклада 80000 и доплаты в 35000