В ЗУП 3.1 вам необходимо зайти в Настройка – Организации (Реквизиты организации) – Учетная политика и другие настройки – Бухучет и выплата зарплаты и по ссылке История изменения бухгалтерского учета добавить новую запись.
В Бухгалтерии 3.0 эта же история расположена в Зарплата и кадры – Настройки зарплаты – Порядок учета зарплаты.