Добавить в счет-фактуру поле для указания гос.контракта можно после обновления 1С до последнего релиза (для 1С Бухгалтерия 3.0 версии 3.0.51.12 или 2.0.66.31).
Изменения производятся в настройках функциональности программы. На закладке «Расчеты» ставится галочка напротив нужного значения:

Теперь в счете-фактуре появилось поле «Идентификатор госконтракта»:
Информация попадает в печатный документ:
И отражается в УПД: